面向水域生态系统健康和水环境安全等重大国家需求，聚焦水生植物重要的科学、生态、经济与文化价值，研究其关键功能性状的适应性进化过程与机制，揭示现代水生植物多样性分布格局的形成、动态与维持机制，建立与发展以代表性水生植物为模式的水生植物生物学研究体系，创制目标导向的水生植物新种质；阐明水生植物动态变化的生态效应，建立以水生植物为核心的水生态系统结构与功能表征体系。
主任：李伟
副主任：杨玉义、陈进明
中心包含的学科组
| 中心名称 | 学科组名 |
| 水生植物研究中心 | 水生植物生物学 |
| 水生植物生物地理学 | |
| 水生植物与水生态系统健康 | |
| 环境基因组学 | |
| 莲种质资源与遗传育种 |
